Op 28 november 1821 verkreeg het noordwestelijke deel van Zuid-Amerika, inclusief het tegenwoordige Panama, de onafhankelijkheid van Spanje. Dit gebiedsdeel, de republiek Gran Colombia, bestond uit de huidige landen Colombia, Venezuela, Ecuador, het noorden van Peru, het westen van Guyana, het noordwesten van Brazilië en, zoals gezegd, Panama.

Tussen 1899 en 1902 werd in Gran Colombia een oorlog uitgevochten, de zogenaamde Guerra de los Mil Días  (De 1000-daagse Oorlog), een confrontatie tussen de liberale en conservatieve partijen. Het zorgde voor onrust en aspiraties voor onafhankelijkheid in het Panamese deel van de republiek.

Toen de Verenigde Staten in 1903 een overeenkomst sloten over het graven van een kanaal door Panama, in het zogeheten Hay-Herrán Verdrag, en het congres van Gran Colombia dit vervolgens unaniem verwierp, waren de rapen gaar. De Amerikanen verleenden vervolgens openlijk steun aan de onafhankelijkheidsbeweging. Op 3 november 1903 werd de onafhankelijkheid uitgeroepen. De Colombianen stuurden vervolgens troepen om de Panamezen tot de orde te roepen. Dit liep, mede door tussenkomst van de Amerikanen in de havenstad Colón, waar de troepen zich ontscheepten, op een fiasco uit. De Amerikanen erkenden de nieuwe onafhankelijke staat Panama op 13 november en Frankrijk volgde een dag later, vlak daarna gevolg door 15 andere landen. Er was geen weg terug meer en er waren geen beletsels meer voor het graven van het Panama-Kanaal.

De vlag

De vlag is ingevoerd op 4 juni 1904 en de kleurenkeus, rood, blauw en wit is geënt op die van de Amerikaanse vlag, de grote helpers bij het verkrijgen van de onafhankelijkheid. Tevens staan ze voor de twee politieke partijen: rood = liberaal, blauw = conservatief. Het wit staat voor de samenwerking tussen de partijen.

De vlag is in vier kwartieren gedeeld: 1e kwartier, de top van de broekingszijde, is wit met een blauwe ster (reinheid en eerlijkheid), 4e kwartier, de onderkant van de vlucht, is wit met een rode ster (gezag en wet). Het 2e en 3e kwartier, de top van de vlucht en de onderkant van de broekingszijde, worden ingenomen door respectievelijk een rood en een blauw vlak, met de betekenis zoals hierboven geschetst.