Op 6 januari 1912 werd New Mexico als 47e staat toegelaten tot de unie van de Verenigde Staten van Amerika. Arizona volgde een maand later. Alaska en Hawaii volgden in 1959 en maakten de 50 van nu vol. Van 1912 tot 1915 had New Mexico geen vlag. Op de San Diego World’s Fair in 1915 verscheen er plots één aan de muur van een tentoonstellingsruimte. Het is de inmiddels in de vergetelheid geraakte eerste vlag van de staat, ontworpen door Ralph Emerson Twitchell, een historicus uit de regio. De vlag heeft nooit werkelijk gewapperd, hij was alleen aan die muur in San Diego te bewonderen en er is maar één exemplaar van. Hij heeft een lengte van slechts 50 cm en laat op een egaal donkerblauw veld de Amerikaanse vlag in het kanton zien, de naam New Mexico ietwat schuin in zilverdraad midden op de vlag, het staatszegel onder in de vlucht en het nummer 47 (voor de 47e staat) boven in de vlucht, gele franje aan de vluchtzijde.

Desondanks zagen de autoriteiten hem toch als officiële vlag. In 1920 echter begon de New Mexico-afdeling van de Chapter of the Daughters of the American Revolution te lobbyen voor een nieuwe vlag. Met succes, in 1923 kregen ze toestemming voor het houden van een ontwerpwedstrijd. Deze werd gewonnen door Harry Mera, een arts en archeoloog uit Sante Fe. De vlag was genaaid door zijn vrouw Reba. In 1925 ondertekende gouverneur Arthur T. Hannett het officiële vlagbesluit en daarmee had New Mexico de vlag die het nu nog heeft.

De vlag
De vlag is egaal geel met een Zía zonnesymbool in rood in het midden van de vlag. Het symbool is afkomstig van een waterkruik van de indianen van Zía Pueblo, het stelt de harmonie in het heelal voor. Vanuit de zonnecirkel komen aan vier kanten vier lijnen naar buiten, de twee binnenste iets langer dan de twee buitenste. Vier is een heilig nummer bij de Zía, het staat voor de vier richtingen in de wereld, de vier seizoenen in het jaar, de vier ijkpunten van een etmaal (zonsopkomst, middag, avond en nacht), de vier stadia van het leven (kindertijd, jeugd, volwassenheid en ouderdom) en de vier heilige opdrachten (een sterk lichaam, een goed verstand, een zuivere geest en het zich bekommeren om anderen). Al deze dingen worden met elkaar verbonden door de zonnecirkel. De gele en rode kleuren komen van de Spaanse koningin Isabella, uit de tijd van de conquistadores, die New Mexico als eerste blanken bereikten.

Salute
New Mexico heeft een officieel saluut aan de vlag en wel in het Spaans en het Engels: Saludo la bandera del estado de Nueva Méjica, el simbolo Zía de amistad perfecta, entre culturas unidas. I salute the flag of the state of New Mexico and the Zía symbol of perfect friendship among united cultures.

Nummer één
In de “Great NAVA Survey of 2001” werd de vlag van New Mexico uit een totaal van 72 Canadese en Amerikaanse vlaggen als mooiste gekozen.