Op 11 december 1981 werd de vlag van Bonaire geïntroduceerd. In het comité voor het vlagontwerp zat de befaamde Amerikaanse vexilloloog (vlaggendeskundige) Whitney Smith. Hij is o.a. de ontwerper van de vlag van Guyana (1966).

De vlag

De vlag van Bonaire is diagonaal in tweeën gedeeld, van de onderkant van de broekingszijde tot de bovenkant van de vluchtzijde, in wit en blauw Het witte gedeelte is op zijn beurt aan de bovenkant van de broekingszijde ook weer diagonaal gedeeld, met een kleiner driehoekig geel vlak in het kanton. Midden in het witte gedeelte is een gestileerd zwart kompas afgebeeld met daarin een zeskantige rode ster.

Het gele vlak staat voor de zon en voor de Bonaireaanse bloemen, waarvan er vele geel zijn, zoals de kibra hacha, kelki hel en sente bibu (aloë). Het witte gedeelte symboliseert vrede, vrijheid en rust, terwijl het blauwe vlak voor de zee staat.

De zwarte kompasring met vier punten voor noord, zuid, oost en west symboliseert de verschillende bevolkingsgroepen, die, waar ze ook vandaan kwamen, aan elkaar gelijk zijn. De zeskantige rode ster staat voor de zes oorspronkelijke dorpen op Bonaire: Antriol, Nikiboko, Noord Saliña, Playa, Tera Korá en Rincón. De eerste vijf zijn inmiddels aan elkaar vastgegroeid en vormen nu de hoofdstad Kralendijk. Rincón ligt in het noorden van het eiland (en heeft een eigen vlag).

Sinds april van dit jaar heeft het voormalige dorp Atriol (nu een wijk (bario) van Kralendijk) ook een eigen vlag.
In oktober 2021 kon gekozen worden uit 22 ontwerpen door 18 inzenders. De vlagcommissie wist het winnende ontwerp geheim te houden tot 17 april dit jaar, toen de vlag voor de eerste keer gehesen werd.

Het winnende ontwerp was van Rolando Marin en heeft een duidelijke link met de eilandvlag.
De vlag is wit met de zwarte kompasring en rode ster (van de eilandvlag) in het midden. Vijf kleinere rode sterren sterren zijn om de kompasring heen gegroepeerd.
De zes sterren staan voor de vijf oorspronkelijke dorpen (nu barrios van Kralendijk) plus Rincón.
De kompasring in het midden symboliseert Atriol, dat geografisch ook in het midden ligt.